Cilvēkam draudzīgas baktērijas ir ļoti svarīgas gremošanas un imūnsistēmas veselībai, ar to detoksikācijas un hormonu regulēšanas potenciālām iespējām, kā arī ņemot dalību barības vielu sadalīšanas un absorbcijas procesos. Mainīta mikroorganismu ekoloģija zarnu traktāvar radīt slimības un disfunkciju saistībā ar bakteriālās floras metabolisko aktivitāti un mikrooganismu antigēno būtību. Jebkuriem dzīviem organsimiem piemīt kapacitāte veidot lielas populācijas pie fundamentālā nosacījuma, ka apkārtējās vides resursi ir pietiekoši.Tas nosaka un ietekmē sugu daudzveidību noteiktajā ekosistēmā, t.sk. mikroorganismu vidē. Mums apkārt ir milzīga dzīvo organismu neredzamā pasaule, ko sauc par mikrobiomu.
Viens no cilvēka organisma mikrobiomiem ir gastrointestinālā trakta mikroflora. Tajā evolūcionāri ir attīstījušās cilvēka un mikroorganismu simbiotiskas attiecības: mikroorganismi iegūst enerģiju savai eksistencei no ogļhidrātiem, kas atrodami zarnu traktā, savukārt makroorganisms tādejādi tiek pasargāts no patogēnajiem slimību ierosinošajiem mikroorganismiem. Abas šīs sistēmas ir vienotas un viena otru ietekmē.
Gastrointestinālais trakts ir otra lielākā cilvēka organisma virsma un aizņem apmēram 250 –400 m2 . Dzīves laikā caur to iziet apmēram 60 tonnas pārtikas. Tajā ir vairāk kā 500 dažādu sugu mikroorganismi, par daudziem no kuriem ir ierobežotas zināšanas. Ir aprēķināts, ka vidēji pieauguša cilvēka zarnu traktā ir 10 14 dzīvotspējīgu mikroorganismu ar kopējo svaru 1,0 – 1,5 kg. 99% no fēču mikrofloras sastāv no baktērijām, bet ir sastopamas arī vairākas sēņu sugas un dzīvi organismi ar atšķirīgu barošanās un vairošanās mehānismu (protisti). Lai arī mikroorganismu galvenā funkcija ir barības vielu absorbcija un sagremošana, tiem ir arī citas funkcijas un daži pētnieki pat uzskata, ka zarnu mikroflora jāvērtē kā papildu orgāns saistībā ar tās daudzveidību. Tai pat laikā arī zarnu trakta mikroflora ir pakļauta barības vielu antigēnu un mikroorganismu vielu maiņas produktu iedarbībai. Dzīves laikā mikroorganismu populācijas var svārstīties un mainīties atkarībā no vecuma, veselības, uztura un pat pasaules reģiona, kurā cilvēks dzīvo.
Zarnu trakta toksikēmijas teorija veidojās jau Hipokrāta laikā un 20gs. to papildināja Nobeļa prēmijas laureāta I.Mečņikova atzinumi. Zarnu toksikēmijas teorija ir pamats zarnu trakta disbakteriozes hipotēzei. Termins’’ disbakterioze’’ šodienas izpratnē nozīmē kvantitatīvas un kvalitatīvas zarnu mikrofloras, tās metboliskās aktivitātes un lokālās izplatības izmaiņas ar visām tā izrietējošām sekām. Zarnu trakta mikrobioms ir jutīga ekosistēma kur katra sugas populācija cīnās no izstumšanas, konkurējot par dzīvei nepieciešamajiem resursiem. Arī dažādi ārējie faktori ( medikamentozā terapija , fizioloģisks un psiholoģisks stress , diētas izmaiņas , jonizējošā radiācija, zarnu infekcijas u.c.) var izsaukt baktēriju populācijas līdzsvara zudumu. Pie disbakteriozes ir izmainījusies zarnu trakta normālā mikroflora, jo mainījušās zarnu mikroorganismu sugu normālās /dabīgās attiecības, notikušas izmaiņas mikroorganismu lokālā izplatībā un mikroorganismu metaboliskā aktivitātē, kas savukārt veicina toksigēno produktu atbrīvošanos un izplatīšanos zarnu traktā, kļūstot par būtisku faktoru daudzu hronisku deģenaratīvu slimību attīstībā.
Ja zarnu trakta mikroorganismu populācija ir kļuvusi pārāk maza, tādejādi ietekmējot zarnu ekosistēmu, attīstās gastrointestināli traucējumi, kas var izpausties kā translokācija, kad zarnu normālā mikroflora iziet no zarnu trakta un ierosina saslimšanu citos orgānos un audos, audzējs (piemēram Costridium spp un Bacteroides spp. lielāks skaits kā normālā populācijā palielina vēža iespējas risku), zarnu iekaisuma slimība, zarnu iekaisuma sindroma slimība u.c.
Jau 1970g. A.Ф. Билибин izdalīja 4 disbakteriozes attīstības stadijas: 1- strauji pazeminās normālo mikrofloras pārstāvju skaits to dabīgajās vietās zarnu traktā, 2 – strauji samazinās viena veida mikroorganismu skaits un palielinās citu, 3 – mainās autofloras lokalizācija t. i. mikroorganismi parādās sev neraksturīgās organisma vietās, 4 - dažām mikroorganismu sugām vai to asociācijām parādās patogēnas īpašības.
Disbakterioze var būt latenta vai subklīniska bez klīniskiem simptomiem un to diagnosticē tikai laboratoriski, lokāla vai vietēja, kad attīstās lokāls iekaisums zarnu traktā kā arī ģeneralizēta – saistīta ar makroorganisma funkcionālo barjeru izjaukšanu un makroorganisma rezistences spēju pazemināšanos.
No klīniskā viedokļa pēc kompensācijas pakāpes disbakterioze var būt kompensēta t.i.nav reakcijas no makroorganisma puses ar patoloģiskie procesiem, subkompensēta kad attīstās lokāls iekaisuma process zarnās un dekompensēta, kad attīstās ģeneralizēts infekcijas process ar iekaisuma perēkļiem dažādos orgānos un audos, kas var novest pie organisma intoksikācijas un pat sepša.
Disbakteriozi var iedalīt vairākās smaguma pakāpēs arī pēc aerobo un anaerobo mikrorganismu attiecībām: 1 - kad prevalē anaerobā mikroflora, laktobaciļļu skaits nemainās, E.coli skaits palielinās vai samazinās , nosacīti patogēna mikroflora normas robežās, 2 - kad anaerobo un aerobo mikroorganismu attiecības vienādas, anaerobo skaits uz normas apakšējās robežas vai samazināts, samazināts E. coli skaits, parādās atipiskie celmi (hemolitiskā E.coli,
stafilokoki), pazeminās laktobaciļļu skaits, pieaug nosacīti – patogēnās mikrofloras pārstāvju skaits, 3 - kad ievērojami samazinās aerobo baktēriju skaits, gandrīz visi ir atipiskie E.coli celmi, samazināš bifidobaktēriju un laktobaciļļu skaits, kā rezultātā krasi pieug nosacīti patogēno mikroorganismu skaits, 4 - kad bifidobaktērijas nav, ir neliels E. coli atipisko celmu skaits, nosacīti patogēnā mikroflora aug asociācijās, lai gan var dominēt kādi noteikti mikroorganismu štammi ( hemolītiskie streptokoki, stafilokoki proteus u.c.
Disbakteriozi var diagnosticēt klīniski un arī laboratoriski pielietojot dažādas metodes: nosakot dažādu mikroorganismu metabolisma produktus ar bioķīmiskām metodēm, gāzu hromatogrāfiju u.c.( netiešas izmeklēšanas metodes), veicot fēču mikrobioloģisko izmeklēšanu, kas gan prasa salīdzinoši ilgu laiku līdz rezultātu iegūšanai. Pēdējos gados dažādi ražotāji piedāvā bakteriālo gastroenterītu diagnostiku ar molekulāri bioloģiskām metodēm, kas ir veicamas ātrāk, ir jutīgākas par klasisko mikrobioloģisko fēču izmeklēšanu un augsti specifiskas, bet Latvijā pagaidām tiek pielietotas tikai pētnieciskos nolūkos.